Dalam sejarah kota Batavia atau Jakarta, kawasan Kampung Melayu sejak dahulu memang sudah menjadi jalan penghubung antara kota Jakarta dan sekitarnya. Penempatan ini terjadi setelah Belanda merebut Jayakarta dari kesultanan Banten. Belanda pun menggantinya dengan nama Batavia.
Untuk membangun Batavia, Belanda membutuhkan banyak pekerja, terutama untuk menggerakkan roda perekonomian. Banyak orang dari luar daerah yang didatangkan ke Batavia pada saat itu, seperti orang Tionghoa, orang Melayu, orang Bandan, dan lain sebagainya. Para pendatang ini umumnya lebih memilih tinggal di daerah utara, karena dekat dengan pelabuhan. Namun, seiring berjalannya waktu, pemerintah kolonial pun mengelompokkan para pendatang ini berdasarkan etnis.
Para pendatang dari berbagai etnis ini dikelompokkan oleh Belanda ke dalam pemukiman-pemukiman khusus, agar memudahkan pemerintah dalam mengontrol mereka dan mencegah terjadinya perang antar etnis.
Orang Tionghoa dipindahkan ke kawasan yang kini terkenal sebagai kawasan Glodok. Dan orang-orang Melayu dipindahkan ke Kampung Melayu.
Saat pengelompokan wilayah berdasarkan etnis itu transportasi utama masih mengandalkan sungai. Karena belum adanya jalan utama, yakni Jalan Raya Pos, buatan Daendels yang kini melintasi Kampung Melayu. Karena itulah sebagian besar orang Melayu di kawasan ini memilih tinggal di dekat Sungai Ciliwung. Hingga akhirnya Daendels membuat Jalan Raya Pos Anyer - Panarukan, yang ternyata jalurnya melewati Kampung Melayu. Alhasil keberadaan Kampug Melayu semakin terhubung dengan kawasan Batavia, baik dari jalur sungai maupun darat.
Etnis melayu di Kampung Melayu menjadi salah satu lokasi yang penting untuk pemerintah Belanda. karena mereka telah banyak membantu VOC dalam hal membuka perdagangan antara kaum pribumi, pendatang dan orang Belanda.